의료업(보건업)은 **해당 연도 수입금액이 5억 원 이상**인 경우 성실신고확인제 적용 대상이 됩니다. 병의원 및 한의원 세무는 건강보험공단 급여 수입, 비급여 수입, 현금영수증 의무발행, 그리고 미용·성형 목적 의료용역 부가가치세 과세 등 국세청의 다차원적 데이터 검증망에 직접 노출되어 있습니다.
이민우 회계사
정평세무컨설팅 대표 / 의료 세무 전문
국세청은 업종별 수입금액 기준을 두어 고소득 전문직 및 사업자의 장부 기장 내역과 경비 적정성을 세무대리인이 사전에 확인하도록 하는 **성실신고확인제도**를 시행하고 있습니다.
의무 대상에 속하는 보건업(병의원, 치과, 한의원)의 수입금액 기준은 **해당 과세기간 당해 사업장의 총 수입금액이 5억 원 이상**입니다. 이때 수입금액에는 건강보험 급여 수입, 비급여 수입, 자동차보험 치료비, 수입이자, 의약품 장려금 등 모든 사업 관련 수입이 포함됩니다.
성실신고확인에 직접 사용한 비용의 60%를 소득세에서 공제 (최대 120만원 한도) 및 해당 비용 전액 필요경비 인정
일반 종합소득세 신고기한(5월 31일)보다 1개월 연장된 6월 30일까지 신고 및 납부 가능
성실신고확인서를 기한 내 제출하지 않을 경우 산출세액의 5% 미제출 가산세 부과
확인서 미제출 또는 부실 확인 시 국세청 수시 세무조사 대상자로 등록될 위험 대폭 증가
의료기관 세무의 핵심 난제 중 하나는 **부가가치세 면세 수입과 과세 수입을 엄격히 구분하여 신고하는 것**입니다. 의료 보건용역은 원칙적으로 면세이나, 미용·성형 목적 의료 행위는 부가가치세 10% 과세 대상입니다.
| 진료과목 | 부가가치세 면세 항목 (VAT 0%) | 부가가치세 과세 항목 (VAT 10%) |
|---|---|---|
| 성형외과 / 피부과 | 질병 치료 목적 수술, 화상 치료, 선천성 기형 수술 | 쌍꺼풀, 코성형, 지방흡입, 보톡스, 필러, 여드름 치료 |
| 치과의원 | 충치 치료, 신경 치료, 스케일링(치주질환), 발치, 임플란트(치료목적) | 치과 치열교정술(미용목적), 치아미백술 |
| 한의원 | 침, 뜸, 부항, 건강보험 한약, 질병 치료 한약 처방 | 한방 다이어트 탕약, 한방 피부미용, 성형침 |
| 안과 / 이비인후과 | 백내장 수술, 녹내장, 비염 치료, 청력 검사 | 라식·라섹 시력교정술(미용/편의목적) |
⚠️ 과세·면세 겸영 사업자의 공통매입세액 안분계산 주의사항:
의료용역 과세 수입과 면세 수입이 함께 발생하는 병의원은 임차료, 의료장비 리스료, 인테리어 비용 등 공통 지출에 포함된 부가가치세에 대해 **수입금액 비율에 따라 공통매입세액 안분계산**을 실시해야 하며, 면세 관련 매입세액은 불공제 처리해야 합니다.
국세청은 국민건강보험공단 및 건강보험심사평가원(HIRA)으로부터 **매년 병의원의 요양급여비용 지급 데이터 및 본인부담금 내역**을 전산으로 직접 통보받습니다.
따라서 소득세 신고 시 건강보험 급여 수입 누락은 전산 시스템상 불가능하며, **비급여 수입 금액 산정 시 진료차트, 의약품 수급 내역, 의료기기 소모품 거래 건수**와 일치하지 않을 경우 세무조사 우선 대상자로 선정될 수 있습니다.
1. 의약품 및 의료 소모품 사용량 비율 분석
매입한 보톡스·필러·임플란트 수량 대비 신고된 비급여 매출 건수 격차 검증
2. 현금영수증 의무발행 위반 여부
10만 원 이상 비급여 진료비 현금 수령 시 차명계좌 입금 유도 및 현금영수증 미발급 적발
3. 페이닥터(네트제 급여) 원천세 및 4대보험 부실 신고
봉직의 세후 급여(Net) 지급 계약 시 발생 소득세 및 4대보험 대납액에 대한 손금 산입 요건 적정성
서울 강남 소재 B 피부과는 연 매출 12억 원 규모로 성실신고확인 대상 사업장이었습니다. B 의원은 여드름 치료 및 보톡스 시술 시 할인 혜택을 조건으로 현금 결제를 유도한 후 현금영수증을 발급하지 않고 수입금액에서 1억 8,000만 원을 누락하였습니다.
시사점: 의료업은 국세청의 정밀 분석 타깃 업종이므로, 비급여 수입 누락 시 부당과소신고 가산세 40%와 현금영수증 가산세 20%가 중과되어 치명적인 세무적 타격을 입게 됩니다.
건강보험공단에서 발급하는 연간 요양급여비용 지급 통보서 내역과 세무 기장상 급여 수입금액이 단 1원의 차이도 없이 정확히 합치하는지 사전 점검해야 합니다.
환자가 현금영수증 발급을 원하지 않거나 인적사항을 알 수 없는 경우에도 **결제일로부터 5일 이내 국세청 자진발급 번호(010-000-1234)**로 반드시 발급해야 가산세를 방지할 수 있습니다.
간호사, 간호조무사, 물리치료사, 코디네이터 등 정규직 청년 및 상시근로자 수가 증가한 경우 **1인당 연간 최대 1,550만 원까지 세액공제(최대 3년간)** 혜택을 챙겨야 합니다.
고가의 레이저 장비, CT, 체성분 분석기 등 의료장비 도입 시 감가상각 내용연수와 정율법/정액법 적용을 검토하여 소득세를 효과적으로 절감합니다.
Net 계약 봉직의의 소득세 환급금 또는 추가 납부세액에 대한 부담 주체를 명확히 하고 손금 인정 범위를 사전에 정비해야 합니다.
A. 네, 당해 연도 수입금액 기준으로 적용됩니다. 개원 첫해라 하더라도 해당 과세기간 총 수입금액이 5억 원 이상이면 종합소득세 신고 시 성실신고확인서를 반드시 함께 제출해야 합니다.
A. 진찰 및 처방에 따른 조제 탕약은 면세이나, 규격화된 단순 건강기능식품 판매는 과세 대상입니다. 한의사가 환자의 상태를 직접 진찰하고 처방한 경옥고·공진단은 의료용역으로서 면세에 해당하지만, 단순 상품 형태로 기성 판매하는 경우 부가가치세 과세 대상이 될 수 있으므로 주의가 필요합니다.
A. 순수 면세 진료만 제공하는 병의원은 부가가치세 환급을 받을 수 없습니다. 면세사업자는 부가가치세 매입세액 환급 대상이 아니므로 인테리어 비용의 부가세 포함 전체 금액을 종합소득세 계산 시 자산(감가상각) 또는 필요경비로 반영하게 됩니다. 단, 과세 진료를 겸영하는 경우 공통매입세액 안분비율만큼 환급 및 매입세액 공제가 가능합니다.
A. 근로계약서상 대납 조건이 명확히 기재되어 있다면 경비(손금) 인정 가능합니다. 세후 급여지급 계약 시 병원이 대납한 소득세 및 4대보험료는 페이닥터의 총급여에 합산되어 과세되며, 병원의 적정 인건비 필요경비로 인정받게 됩니다.
A. 홈택스 수임동의 승인 및 이전 기장 자료 이관으로 간단히 진행됩니다. 당사 세무 전문가가 기존 장부 이관, 건강보험 급여 내역, 기포함 세액공제 이월액을 정밀 검토하여 진료에만 전념하실 수 있도록 원스톱으로 처리해 드립니다.
한국공인회계사 / 병의원·의료기관 전담 세무 본부장
성형외과, 피부과, 치과의원, 한의원, 내과, 정형외과 등 300여 개 이상의 의료기관 기장 및 세무조사 소명 업무를 수행해 왔습니다. 건강보험공단 데이터 연동 및 비급여 수입 관리, 성실신고확인제 절세 컨설팅을 전담 제공합니다.
성실신고확인제, 종합소득세 절세, 부가가치세 안분계산, 병의원 기장 및 세무 수수료 안내 등 원장님의 궁금하신 사항을 남겨주시면 담당 회계사가 직접 확인 후 연락드립니다.
의료기기 제약사, 병의원 컨설팅업체, 개원 입지 컨설팅사와의 세무 솔루션 협업 문의를 환영합니다.